黑籽南瓜的定植密度一般為行距2-3米，株距60-70厘米。種植黑籽南瓜，主要是以采種為目的。為了提高種子產(chǎn)量，需要進(jìn)行人工授粉。由于早春種植時(shí)，前期氣溫還相對較低，日照也短，雌花比雄花要早開(kāi)7-10天。為了提早坐瓜，應先將一部分種子提前10天左右播種和定植，讓這部分植株作為花粉源，用于為正常播種和定植的采種株提供花粉。采種株上的第一朵雌花，一般不進(jìn)行授粉，并及早摘除，而選第二、第三朵雌花進(jìn)行授粉。
黑籽南瓜根系較發(fā)達，吸肥能力強，長(cháng)勢較旺。栽培中要適當控制植株的長(cháng)勢，以免影響坐果。所以，黑籽南瓜栽培過(guò)程中，施肥量要根據采種田的土壤肥力及前茬作物情況而定，不宜施肥過(guò)量。
黑籽南瓜的果實(shí)成熟較晚，一般在雌花開(kāi)放后90天以上，采收的種子才有較高的發(fā)芽率。為了延長(cháng)黑籽南瓜的生育期，生產(chǎn)中一般要采用小拱棚覆蓋等措施，來(lái)促進(jìn)植株生長(cháng)，延長(cháng)生育期。
黑籽南瓜一般采用相對粗放的管理方法，一般不進(jìn)行整枝。
